偵查乃檢察機關調查人犯及搜集犯罪證據，以了解有無犯罪嫌疑，應否提起公訴之準備行為，其來源不限於民眾告訴、告發或自首，亦包括機關函送、新聞報導或檢察官自動檢舉等情形，如依偵查所得之證據，足認被告有犯罪嫌疑時，除認以緩起訴或職權處分(微罪或或於執行無實益之案件)為適當外，應提起公訴，反之，如認無犯罪嫌疑，或有刑事訴訟法第252條第1款至第9款即曾經判決確定、時效已完成、曾經大赦、犯罪後之法律已廢止其刑罰，以及告訴或請求乃論之罪，其告訴或請求已經撤回或已逾告訴期間，被告死亡、法院對於被告無審判權、行為不罰、法律應免除其刑所列情形，或同法第255條第1項其他法定理由，則應為不起訴處分。

另外司法實務上針對明顯無偵查實益案件如匿名告發且告發內容空泛，就已分案或結案之同一事實再重複告發、依陳述事實或告發內容顯與犯罪無關、陳述事實或告發內容係虛擬或經驗上不可能，對公務員依法執行公務不服而申告，但對構成刑責之要件嫌疑事實未有任何具體指摘，或提出相關事證或指出涉案事證所在，以及經常提出申告之人，所告案件均查非事實或已判決無罪或不起訴處分確定，復再申告，則依臺灣高等檢察署訂定之臺灣高等檢察署所屬各地方檢察署及其檢察分署辦理他案應行注意事項所定方式分他案辦理，並以行政簽結方式中止偵查。

檢察官在偵查階段係偵查程序之主導者，司法警察機關，除警察機關外，尚包括法務部調查局及廉政署等執行司法警察職務之人員，均負有協助檢察官偵查犯罪之職權，並於偵查犯罪時受檢察官之指揮，為偵查輔助機關，係刑事偵查中不可或缺之角色。另檢察官對於司法警察官或司法警察移送或報告之案件，認為調查未完備者，得將卷證發回，命其補足，或發交其他司法警察官或司法警察調查。司法警察官或司法警察應於補足或調查後，再行移送或報告，俾使偵查程序更加完善。

本署為提昇檢察官偵查案件之專業知能，並發揮協同辦案精神，以強化打擊特定犯罪之成效，配合法務部實施檢察官專組辦案制度，目前設有「檢肅黑金專組」、「婦幼保護專組」、「智慧財產權專組」、「緝毒專組」、「重大刑案專組」、「打擊民生犯罪專組」、「財稅採購專組」，針對特定類型犯罪採用專組辦案，除嚴格要求各該專組檢察官參與各該專組有關教育訓練外，因各該專組內有不同期別及年資深淺交錯，其偵辦專案經驗得傳承，以深化辦案之深度。