刑事訴訟法第457條第1項規定，執行裁判由為裁判法院對應之檢察署檢察官指揮之。故法院判決確定後，其刑罰或保安處分之執行，應由檢察官指揮執行。刑之執行有短期自由刑及長期自由刑之分，短期係指6月以下得易科罰金或易服社會勞動者，長期則係指超過6月以上有期徒刑者屬之，

刑事案件依刑事訴訟法第456條之規定於裁判確定後，迅速依法指揮執行，以貫徹國家刑罰權。對於得易科罰金、易服社會勞動之短期自由刑案件，本署檢察官均依個案之具體情狀審酌，除受刑人有事實足認，如准易科罰金或易服社會勞動，難收矯正之效或難以維持法秩序者，或因身心健康之關係執行社會勞動顯有困難者等外，對於聲請易科罰金或易服社會勞動之案件，均審慎審核，以兼顧受刑人之權益，並落實國家刑罰權之行使，確保社會正義之實現。

另本署發監執行之受刑人，男性受刑人是於法務部矯正署臺北監獄執行，女性受刑人則送法務部矯正署桃園女子監獄執行（受5月以下有期徒刑宣告者，在法務部矯正署臺北監獄臺北女子分監執行）。

目前本署主要執行業務如下：（一）各種主刑之執行：死刑、無期徒刑、有期徒刑、拘役、罰金。（二）沒收：沒收犯罪所得或追徵其價額。（三）從刑：褫奪公權。（四）保安處分：監護、禁戒、強制治療、保護管束、驅逐出境。（五）其他：緩起訴、沒入、證人罰鍰、贓證物及扣押物之處理、保證金處理。